Secondary Structure Bias in Generalized Born Solvent Models: Comparison of Conformational Ensembles and Free Energy of Solvent Polarization from Explicit and Implicit Solvation
نویسندگان
چکیده
منابع مشابه
synthesis of sulfides from alcohols and thiols in solvent-freeconditions and deoxygenation of sulfoxides
کاتالیست یک سنتز جدید برای تیواترها توصیف شده است. واکنش الکل ها با آریل، هتروآریل و آلکیل تیو ل ها درحضور 1،3،5- تری آزو- 2،4،6- تری فسفرین-2،2،4،4،6،6 هگزاکلراید ((tapc به عنوان یک کاتالیست موُثر، بازده های خوب تا عالی از تیواترها را حاصل می کند. علاوه براین، واکنش تحت شرایط بدون فلز و بدون حلال پیش می رود، بنابراین یک مکمل جالب برای روش های شناخته شده سنتز تیواترها ارائه می دهد. یک مکانیسم ا...
15 صفحه اولSolvent models for protein-ligand binding: Comparison of implicit solvent poisson and surface generalized born models with explicit solvent simulations
Solvent effects play a crucial role in mediating the interactions between proteins and their ligands. Implicit solvent models offer some advantages for modeling these interactions, but they have not been parameterized on such complex problems, and therefore, it is not clear how reliable they are. We have studied the binding of an octapeptide ligand to the murine MHC class I protein using both e...
متن کاملConnecting free energy surfaces in implicit and explicit solvent: an efficient method to compute conformational and solvation free energies.
The ability to accurately model solvent effects on free energy surfaces is important for understanding many biophysical processes including protein folding and misfolding, allosteric transitions, and protein–ligand binding. Although all-atom simulations in explicit solvent can provide an accurate model for biomolecules in solution, explicit solvent simulations are hampered by the slow equilibra...
متن کاملthe role of russia in transmission of energy from central asia and caucuses to european union
پس ازفروپاشی شوروی،رشد منابع نفت و گاز، آسیای میانه و قفقاز را در یک بازی ژئوپلتیکی انرژی قرار داده است. با در نظر گرفتن این منابع هیدروکربنی، این منطقه به یک میدانجنگ و رقابت تجاری برای بازی های ژئوپلتیکی قدرت های بزرگ جهانی تبدیل شده است. روسیه منطقه را به عنوان حیات خلوت خود تلقی نموده و علاقمند به حفظ حضورش می باشد تا همانند گذشته گاز طبیعی را به وسیله خط لوله مرکزی دریافت و به عنوان یک واس...
15 صفحه اولElectrostatic free energy and its variations in implicit solvent models.
A mean-field approach to the electrostatics for solutes in electrolyte solution is revisited and rigorously justified. In this approach, an electrostatic free energy functional is constructed that depends solely on the local ionic concentrations. The unique set of such concentrations that minimize this free energy are given by the usual Boltzmann distributions through the electrostatic potentia...
متن کاملذخیره در منابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ژورنال
عنوان ژورنال: The Journal of Physical Chemistry B
سال: 2007
ISSN: 1520-6106,1520-5207
DOI: 10.1021/jp066831u